Немного углубляясь в прошлое, нужно отметить, что идея создания единой церковной научно-образовательной площадки, вокруг которой объединились бы духовные школы, и которая была бы благоприятной средой, стимулирующей развитие богословской науки, на тот момент уже давно и широко обсуждалась. В 2001 году по благословению Святейшего Патриарха Алексия II идея получила свое воплощение в создании образовательного портала Учебного комитета.

С учреждением ЦИТа научно-богословский портал «Богослов.Ru» был воссоздан в новом качестве. Это стало возможным благодаря совместным усилиям ряда духовных учебных заведений при активном участии светских специалистов. Поддержание и развитие портала «Богослов.Ру» было одной из основных целей ЦИТа. Одновременно осуществлялись и другие важные проекты. Так, при непосредственном участии ЦИТа разрабатывалась Единая автоматизированная информационная система Учебного комитета.

Коллегиальным органом управления АНО «ЦИТ МДА» был Наблюдательный совет под председательством архиепископа Верейского Евгения (Решетникова). Первым генеральным директором ЦИТа был Сергей Вячеславович Поляков (с 2009 г. – иерей). С 11.05.2010 по 30.06.2022 директором ЦИТа является иеромонах Таврион (Смыков).

В 2010 году с целью производства образовательного и просветительского видео-контента была создана киностудия «Богослов», в рамках которой с того времени осуществлено много просветительских видео-проектов.

В 2011 году произведена реформа органов управления АНО «ЦИТ МДА». Было учреждено Правление, председателем которого стал протоиерей Павел Великанов.

В 2011–2012 годах в рамках ЦИТа осуществлялась грантовая программа с целью стимулирования научно-богословской работы Московской духовной академии и в целом Русской Православной Церкви.

К 2014 году количество видео-контента, произведенного киностудией «Богослов», достигло такого уровня, что это позволило ей создать собственный видео-портал bogoslov.tv, при том, что весь видео-контент остается интегрированным c порталом «Богослов.Ру» через общий канал на YouTube.

Еще в конце 2013 года появилась идея объединить в рамках деятельности ЦИТа усилия Московской духовной академии и Свято-Троицкой Сергиевой Лавры. В осуществление этой идеи было внесено изменение в наименование организации. С 19 февраля 2014 года ЦИТ получил новое название: Автономная некоммерческая организация «Центр информационных технологий Свято-Троицкой Сергиевой Лавры и Московской духовной академии Русской Православной Церкви» (сокращенное наименование – АНО «ЦИТ СТСЛ и МДА»).

Результатом совместной деятельности ЦИТа и Свято-Троицкой Сергиевой Лавры стал в 2015–2016 годах проект «Русский дворец интересов», осуществленный на базе Пятницкого подворья Лавры.

В 2017–2018 годах при поддержке Фонда Президентских грантов осуществлен проект «Академия веры», в рамках которого создан новый интернет-портал с ярко выраженной интерактивностью, вводящий пользователя от самых простых и общих вопросов в пространство всё более широкого исторического, культурного, цивилизационного контекста, благодаря чему существенно углубляется понимание базовых утверждений христианской веры.

В мае 2018 года председатель Учебного комитета архиепископ Верейский Евгений был избран на Таллинскую кафедру. В июле 2019 года по решению нового председателя Учебного комитета протоиерея Максима Козлова Учебный комитет Русской Православной Церкви вышел из состава учредителей АНО «ЦИТ СТСЛ и МДА».

В 2020 году по благословению нового наместника Троице-Сергиевой Лавры епископа Парамона упоминание Лавры было исключено из наименования ЦИТа.

С 11 августа 2020 года ЦИТ носит прежнее название: Автономная некоммерческая организация «Центр информационных технологий Московской духовной академии Русской Православной Церкви» (АНО «ЦИТ МДА»).